在学理上，外商投资企业清算可以按照不同标准划分为不同种类。如根据清算活动是否按照破产规则进行，可分为破产清算和非破产清算。
1.破产清算是指外商投资企业达到了破产界限时，该企业或债权人向人民法院提出破产申请，由人民法院主持进行的清算，这种清算程序严格，受到法院的严格控制：而后者指的是外商投资企业因宣告破产以外的其它原因而引起的清算，在这种情况下进行清算的企业一般被认为有充足的财产清偿其债务，因而相对于破产清算来说，比较自由。
2.非破产清算按照清算活动是否遵循法律规定的强制性的方法及程序，又可分为任意清算和法定清算。
任意清算，指的是清算不需要遵循严格的法律程序，其清算方法完全取决于企业章程、有关协议以及投资者决定的清算方法。这种清算通常由企业的投资者自己进行，清算的各个步骤由清算人自行决定，因而效率较高，只适用于投资人全部得不到或者部分得不到有限责任保护的企业，当企业财产不足以清偿其债务时，债权人可向投资者追偿，因而企业债权人较有保障，但除少数国家(如日本)允许无限公司的任意清算外，其他各国都实行法定清算。
法定清算，是按照法律规定的方法、程序进行的清算，是严格的、必须遵循法定步骤的清算，其理论基础是，有限责任具有天生的缺陷，即投资人对企业债务仅承担有限责任，对于债权人的保障不充分，因此，对于投资人承担有限责任的企业应当进行较为严格的全方位的规范和监督；具体到清算领域，就是法律应该积极干预企业的清算，以使债权人的利益得到较好的保障“。我国有关公司企业(包括外商投资企业)的立法都规定了企业清算方法及步骤，可以说我国立法仅承认法定清算而不承认任意清算，即使是投资者承担无限责任的合伙企业或个人独资企业也不例外。
根据我国有关外商投资企业的立法及原对外贸易经济合作部(现商务部)于1996年7月9日以对外贸易经济合作部令(1996)第2号公布的《外商投资企业清算办法》(以下简称“《清算办法》”)的规定，外商投资企业的清算包括破产清算、普通清算和特别清算三种。凡是外商投资企业被依法宣告破产的，依照有关破产清算的法律、行政法规如《中华人民共和国企业破产法》和《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，在人民法院的主持下进行。普通清算适用于企业能够自行组织清算委员会进行的清算，依照《清算办法》关于普通清算的规定办理。而特别清算则是由外商投资企业主管部门组织进行的清算。
3.特别清算主要适用于以下两种情形：
1.企业不能自行组织清算委员会进行清算或者依照普通清算的规定进行清算出现严重障碍的，企业董事会或者联合管理委员会等权力机构(以下简称企业权力机构)、投资者或者债权人向企业审批机关申请进行特别清算而企业审批机关同意进行特别清算的；
2.企业被依法责令关闭而解散要进行清算的，依照《清算办法》关于特别清算的规定办理。
在上述三种清算方式中，破产清算是按破产程序进行的，由人民法院组织，程序严格，带有很大的强制性；其它两种清算都是非破产程序，其中特别清算实际上也是一种强制清算，它不像普通清算那样由企业自行组织进行，既无债权人干涉，又无国家机关的介入，而是根据债权人或股东的申请，在审批机关直接组织和指导下进行。但是这三种清算方式之间又有一定程序上的关联性。根据《清算办法》，除了企业被依法责令解散外，特别清算只是在普通清算进行后出现法定障碍时而无法独立完成清算事务时，才能开始实行，而不能在尚未启动普通清算时直接适用。显然，普通清算在时间上可视为特别清算的前置程序“。同时，在普通清算或特别清算过程中，如果发现被清算的外商投资企业财产不足以清偿债务的，清算委员会应当向人民法院申请宣告企业破产，转入破产程序，由人民法院依照有关破产的法律、行政法规办理”。