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西南大学荣昌校区与西南大学的地理位置不同，前者位于重庆市荣昌区，后者位于重庆市北碚区。西南大学荣昌校区主要有两个学院，西南大学北碚校区有二十多个学院，学生人数也更多。除此之外，两所大学的办学层次相同，毕业证书相同，是同一所大学的不同校区。

两所学校地理位置不同，是同一所大学的不同校区。西南师范大学和西南农业大学系同源高校，组成两校的主体均为1906年创办的官立川东师范学堂以及建于1940年的国立女子师范学院。

西南大学荣昌校区，国家211工程重点建设高校西南大学的高水平特色校区，教育部直属高校，前身为始建于1938年的建华高级农业职业学校，抗战时期为国民政府中央畜牧实验所、农业实验所和血清研究所所在地，解放后为国内著名的四川省荣昌畜牧兽医学校，1978年经国务院批准升建为四川畜牧兽医学院。

荣昌校区是西南大学设立的高水平多学科特色校区，是西南大学“一校两地”办学格局中的重要组成部分，根据学校最新研究部署，西南大学将下属二级学院中的动物科学技术学院、动物医学院、水产学院、商贸学院设在荣昌校区，形成了“学校一体化管理、校区统筹、四院一部办学”的总体格局。