一、民间借贷合同约定违约金的处理?

一种意见认为，借款合同是一种特殊的合同，它的标的物是货币，对于出借人来说，如果借款人不按期返还借款，他所遭受的损失只能是借款利息。并且借款人未按照约定的期限返还借款的，应当按照约定或者国家有关规定支付逾期利息。由此可见，对于借款人不按期返还借款的，只规定了逾期利息这一种形式。

另一种意见认为， 当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。”自然应当承担违约责任。第二百零七条所规定的，应当按照约定或者国家有关规定支付逾期利息”本身就是一种违约条款，逾期利息即是违约金。至于违约金是以以事先确定具体数额的形式出现还是只能以逾期利息形式出现，因为国家法律法规对于以确定数额的方式支付违约金并无禁止性规定，按照民法意思自治的原则，该种方式自然是可行的。

二、民间借贷过了诉讼时效怎么办?

过了诉讼时效也不是没有办法。首先我们来了解一下什么是诉讼时效?诉讼时效是指当公民的合法权益受到侵害的时候，在法律规定的时间里可以向法院提起诉讼，如果过了这个期限没有起诉，那么侵害权利的人就可以获得抗辩权。过了诉讼时效，不是说不能再起诉，只是丧失额了获得胜诉的权利的而已，会增加维权的难度。

《民法典》规定除了特别规定之外的案件，其诉讼时效为三年，而民间借贷一般来讲，诉讼时效是为三年的，但是这个前提是，在借条中明确了还款日期，没有规定还款日期的，是从写下借条之日起往后推20年都属于诉讼时效，不过这里还有一点值得注意，应答知道或知道之日起往后推三年，所以一般来讲，既然已经写了欠条，债权人就知道了自己的债权，也应按着三年进行计算。

综上所述，民间借贷合同的违约金一般有两种处理办法，只是借款人没有按照期限归还借款，可以直接走法律程序来追回借款。但若是借款人没有遵循合同内的一些要求但是归还了借款，就属于自治范围。