农村宅基地纠纷调解程序:1、向县级以上人民政府土地管理部门或者乡级人民政府提出书面申请;2、双方当事人出示举证的材料和依据;3、工作人员现场调查材料和取证;4、组织双方当事人进行调解，制作书面调解书;5、调解未达成协议的，或者调节书送达前一方或者双方反悔的，土地管理部门及时提出处理意见，报人民政府错处处理决定。根据我国《土地管理法》的规定，宅基地纠纷的解决办法，主要有三种：(1)协商解决《土地管理法》第16条第1款规定：”土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决。“据此规定，公民之间发生的宅基地纠纷，应当先通过协商的方式加以解决。(2)行政解决《土地管理法》第16条第2款规定：”个人之间，个人与单位之间争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。“该法还规定，侵犯土地的所有权或者使用权争议，由县级以上地方人民政府土地管理部门责令停止侵犯、赔偿损失。(3)司法解决《土地管理法》第16条第3款规定：”当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以在接到处理决定通知之日起30日内，向人民法院起诉。这表明公民之间就土地的使用权和所有权发生的纠纷，只与按照《土地管理法》第16条和第53条的规定，先经过有关行政机关的处理，对于处理决定不服，才可以向人民法院提起诉讼。否则，人民法院不予受理。但对于侵犯土地的所有权或者使用权的，被侵权人可以不经行政机关的处理，而直接向人民法院起诉。此外，宅基地纠纷还可以通过人民调解来解决。人民调解是指在调解委员会(包括城市的居民委员会和农村的村民委员会)的主持下，以国家的法律、法规规章、政策和社会公德为依据，对民间纠纷当事人进行说服教育、规劝疏导，促进纠纷当事人互相谅解，平等协商，从而自愿达成协议，消除纷争的一种群众自治活动。